例如第一批游弋者一开始就并没有被入侵成功，因为细胞膜太厚了。只是游弋者将自己贴近已经死去的簇群，准备接受信息时才凉凉。
这个问题使得噬菌体开始了进化，它有自我意识，当然不会慢慢等下去，而是发现问题后便立即主动变异，优化自己的进攻方式。
于是就有了第二种进攻方式。
第二种简单来说就是伪装自己。通过把自己伪装成良民，从而欺骗了细胞膜上的‘海关’，然后一进了细胞内部就掀开伪装，做回自己。
毕竟这就是一坨蛋白质，在细胞外没有任何生命活动迹象，你很难将其定义为有害。而蛋白质这种东西，那就是营养物质啊。（细胞膜上有很多识别蛋白，识别确定是有利的蛋白质大分子，便会胞吞让蛋白质进入。而早期原核生物的细胞膜也有类似的，但更加简陋的识别外部物质的机制）
细胞膜上的识别蛋白：这是大大的良民
细胞内部的内部DNA：就是你小子把病毒带进来哒？
显然伪装的进攻方式更有效，在第二批游弋者刚刚踏入‘死亡海域’时，便被入侵了，但是这些入侵成功的噬菌体进入游弋者的体内后便发现——自己来错地方了。
这确实还是一个细胞，但这个奇怪的细胞内部竟然还有一个细胞膜，甚至内部的那个细胞膜是拒绝一切外部物质的，上面连识别蛋白都没有，直接就禁止了一切花里胡哨。
或者应该找个有突刺的噬菌体来试试，但有突刺的那个连最外面的膜都穿不透，更别提穿透第二层了。
古菌，好巧不巧的，让自己从一个简单的原核生物，迈出了走向真核生物的一大步。
这不是巧了么？
只可惜，除了改良后的游弋者，古菌的本体，或者说绝大多数的本体，都只是简单的簇群细胞。
完全没有应对噬菌体的手段。
而改良后的游弋者又是一次性的产物，虽然这种改良能够完美阻绝噬菌体的侵害，但同时也丧失了活下去的可能。
这完全是同归于尽的打法。
古菌可不想同归于尽，它还没活够呢。
总结了噬菌体的进攻方式后，古菌便准备在改良过的游弋者基础上，继续改良演化。
首先是内膜结构，在对抗外部入侵时成效显著。
细胞最外面的膜不可能禁止一切物质交换，毕竟还是要恰饭的嘛。
但内膜便不一样了，古菌想了想，决定将细胞内最为重要的核酸聚合起来，用一个更坚固的内膜包裹住，而其他的细胞器，则放在内膜与外膜的中间，也用一个个膜包裹住，并在这些膜上设定只让单一物质进入的识别蛋白，这样，哪怕一个细胞器被入侵了，整个细胞也会瞬间警觉，启动应急自救机制，摧毁入侵者。
而这个应急自救机制，古菌想了想，不如演化出一种专门释放大量酶的细胞器，在发现有入侵者后，立即启动，在细胞内释放大量的酶，利用这些酶来分解掉入侵者。
显然，这么多的酶在细胞内释放就是自杀行为。
但只有能杀死入侵者，就能保护其他的细胞免受入侵，这对古菌而言并不亏。
古菌因为发现了噬菌体的存在，开始从原核生物朝着真核生物的形态迈进，这是生命演化史上的一大步。