在王帆到达南阵城的前夜，孙聪灵梦到了一个身穿兽皮，自称是神的人（人类史上最早一批被集中，并同化了其他灵魂能量占据主导意识的能量体）。这个人告诉孙聪灵他想要和人类和平共处，并做一场公平的交易，他希望孙聪灵能把这个事传达给人类联盟的领袖。
王帆带着廖璐和佰玉到了南阵城，见到孙聪灵二话没说，便让士兵控制住了孙聪灵。原来是廖璐和佰玉，最近经常接收到奇怪的灵魂能量信号，信号不强，但是可以确定是源自那个所谓的“神”。所以联盟认为是屏蔽罩出了问题，神可能在蠢蠢欲动。而曾经被占据身体的孙聪灵，很可能就是神派出的渗透者。
孙聪灵说出了自己梦到的神，和神所说的话，但是为了保险起见，王帆并没有轻信孙聪灵所说，正在这个时候，孙聪灵的身体被另一个意识占据，而这个意识就是所谓的“神”。
神说自己的来意，是为了和平和交易，但是因为有灵体屏蔽罩的缘故，他只能借助孙聪灵这样的灵媒体质传达自己的意思。
神娓娓道出，自己根本不是什么神，而是囚徒，他被更高维度的文明作为能源存储起来，等待需要的时候消耗掉。为了逃避这样的命运，神利用黄衣方士开启反向通道，从能量牢笼逃到了地球。但是地球作为高纬度文明的牧场，就是为了培育灵魂能量而存在的，待在地球并不能逃离再次被囚禁的命运。
一开始神不断扩张，是为了尽可能的把地球上的灵魂能量同化，以此来强化自己，以对抗高纬度文明，直到在撒哈拉之眼，神与一团远古的能量体融合，获得这团能量的意识后，才知道自己的做法并不正确。
撒哈拉之眼实际上是亚特兰蒂斯城遗址，而那团能量就是亚特兰蒂斯先民的灵魂能量，因为存储在玉石之中被保存了下来。从先民的意识里，神得知现在的人类并不是地球上的第一拨人类。
在这之前，地球上有五次人类及人类文明的兴起，但是后来这些文明都被收割覆灭。而收割覆灭这些人类的，正是那个囚禁神的高纬度文明。亚特兰蒂斯之前的人类，都是因为灵魂能量饱和，被一次性收割，而亚特兰蒂斯的覆灭，却是因为他们发现了高纬度文明的存在，并试图反抗。
不过，后来亚特兰蒂斯人发现，整个太阳系都在高纬度文明的掌控之中，除非飞跃到奥尔特云（太阳引力极限处形成的星云团，像蛋壳一样包围着整个太阳系）之外完全摆脱太阳系，才有可能脱离高纬度文明的掌控。亚特兰蒂人为了逃离太阳系，着手研究能够迁跃的曲率飞行器，在飞行器研究成功之后，还没来得及制造，高纬度文明就发现了他们的意图，并且进行了灵魂能量收割，抹掉了亚特兰蒂斯人的存在，重启了部分人类的演化发展。（因为是未达到饱和就进行了收割，为了不影响灵魂能量培育进度，高纬度文明保留了同时期部分没受亚特兰蒂斯人影响的低文明人类，也是因为没有彻底收割，撒哈拉之眼那团亚特兰蒂斯人的灵魂能量才保留了下来。）
神所谓的交易，就是将自己从亚特兰蒂斯人残存灵魂能量中获取的曲率飞行器制造技术，与人类分享，人类负责制造飞行器。在飞行器完成之后，神充当能量为飞行器提供动能，带所有人逃离太阳系这个巨大的牢笼。
不过，人类相应的也要成为神的蓄能，因为只要不完全脱离肉体，活人的灵魂能量是可以再生的，人类在制造飞行器的同时，定期分享灵魂能量，加强神的能量，以此保证飞行器能源充足。
说完，神便脱离了孙聪灵的身体，但是王帆并不能完全相信自己听到的，他认为这可能是神为了诱骗人类打开能量屏蔽罩，而设下的圈套。他将自己得知的情况，报告给了人类联盟总部。
人类联盟高层在争论过后，决定组织一支小队，护送灵媒深入沦陷区和神直接建立灵魂连接，因为直接的灵魂连接不存在谎言（之前关于孙聪灵灵媒能力成长的部分有提）。于是鲁力带领的南阵城护送小队，护送这廖璐、佰玉以及孙聪灵深入到了沦陷区，并通过孙聪灵的带领回到了C市。
在C市市图书馆地下，十年前神降临的地方，灵媒们和神建立了连接，并直观的看到了神所说的一切都是真的。人类联盟终于答应，尝试和神达成和平共处。
神是人类灵魂的集合体，而集合体能产生更高的智慧，神将自己的智慧分享给了人类，人类则开始制造曲率飞行器，并且开始定时分享灵魂能量。一种微妙的合作关系达成，在人类灵魂能量的滋养下，神越来越强大，在神分享的智慧之下，人类迎来了科技大爆发。
这似乎是达成了一种和谐，但是并不是所有人都喜欢这种和谐。从SL部队四号基地逃走之后，羽迎来了神的降临，她也试图和神结合，因为启为了哄骗黄衣方士效力，曾经说过，可以让他们成为和神一样的永生能量体生物，并保留独立意识。
但是，神却很坦诚的告诉羽，结合之后的意识同化并不是神能左右的，一旦结合羽将不能拥有独立意识。原本就是舞女奴仆出身的羽，并不想再做附属，她想要成为永生的神，所以她放弃了与神结合，并且开始了把自己打造成神的计划。
羽的计划就是掠夺人类的灵魂能量强化自身，等自己也成为强大的能量结合体之后，同化掉神。她的做法同时触动了神和人类的利益，刚刚蜕变成能量集合体的羽，遭到了联合围剿。
为了保存实力，不被神同化，羽只能逃离地球，以能量体的形式冲向了宇宙。但是在脱离大气层的时候，她却不能自已的冲向了太阳......
太阳作为高纬度文明在太阳系的能量采集核心，在接收到异常能量采集的时候发出了警报。高纬度文明收到了异常警报，而这个发出警报的3126号培养场，只是千万个能量培养场中的一个，一个个培养场整齐的排列着，太阳系就在最不起眼的位置。换而言之，太阳系奥尔特云之外并没有什么逃离的生路，只有其他的培养场而已。
收到警报的是高纬度文明能源工厂中的一个小职员，小职员轻描淡写的摁下了3126号培养场的重启按钮。重启按钮摁下，太阳熄灭，等到太阳再次亮起，地球之上已经一片寂静，所有灵魂能量被收割而去。新的人类和供其生存的生物，被重新投放到地球，人类发展的新纪元开始......（一言蔽之曰：都是渣渣）