杨洪以独石入卫，八个城都给了敌人，于谦使都督孙安率轻骑兵出龙门关占据了它，招募百姓屯田，边战边守，八个城得以收复。
贵州苗未平定，何文渊建议撤去布使、按察两司，专设都指挥使司，用大将镇守，于谦说：
“不设两个司，是放弃了这地方。”
建议遂作罢，于谦认为上皇虽然回来了，但国耻未洗雪，正值也先和脱脱不花结怨，请求趁机派大军，自己前往征讨他，以报复从前的仇恨，清除边患，明代宗不准。
于谦主持兵部工作时，也先的势力正在扩张，而福建邓茂七、浙江叶宗留、广东黄萧养各自拥有部众和自封的封号，湖广、贵州、广西、瑶、侗、苗、僚到处蜂起作乱，前后的军队征集调遣，都是于谦独自安排。
当战事匆忙急迫，瞬息万变的时候，于谦眼睛看着手指数着，随口讲述奏章，全都能按照机宜采取正确的方针方法。
同事和下属接受命令，彼此看着都感到惊骇佩服，号令严明，虽然是勋臣老将稍有不守法度，立即请圣旨切实责备。
一张小字条送到万里外，没有不谨慎小心执行的，他才思的畅通敏捷，考虑的周到仔细，一时没有人能比得上。
他性情淳朴忠厚过人，忘身忧国，上皇虽然回来了，一点也不说自己的功劳。
东宫改易以后，明代宗命令凡是兼东宫太子宫属者支取两份俸禄，诸臣都表示推辞，只有于谦一再推辞。
自己的生活很简单俭朴，所居住的房子仅仅能够遮挡风雨，明代宗赐给他西华门的府第，推辞说：
“国家多难，臣子怎么敢自己安居。”
坚决推辞，明代宗不准，于是把明代宗前所赏赐的玺书、袍服、银锭之类，全部封好写上说明放到那里，每年去看一看罢了。
明代宗很了解于谦，所议论奏请的事没有不听从的，明代宗曾经派使者到真定、河间采择野菜，去直沽制造鱼干，于谦一说便马上停止。
任用一个人，一定悄悄访问于谦，于谦实事求是地回答，没有隐瞒，也不躲避嫌疑怨恨。
因此那些不称职的人都怨恨他，而不像他那样被明代宗信用的，亦往往嫉妒他。
当敌寇刚刚撤退时，都御史罗通立刻上奏章弹劾于谦登记的功劳薄不实在，御史顾曜说于谦太专权，干预六部的大事奏请实行，好像他就是内阁一样。
于谦根据祖制反驳他们，户部尚书金濂亦上疏为他争辩，但指责他的人还是不断收集他的材料。
各御史多次用苛刻的文词上奏弹劾他，全靠明代宗力排众议，加以任有，他才得以尽量实现自己的计划。
于谦的性格很刚强，遇到有不痛快的事，总是拍着胸脯感叹说：
“这一腔热血，不知会洒在哪里！”
他看不起那些懦怯无能的大臣、勋臣、皇亲国戚，因此憎恨他的人更多。
又始终不赞成讲和，虽然上皇因此能够回来，但上皇并不满意，徐珵因为提出迁都南京，受到于谦斥责。
这时把名字改为有贞，比较容易得到提升进用，经常咬牙切齿地恨于谦。