于此同时伊丽莎白这边到达了古人的基地后，就开始了友好访问，一个名叫尼姆的男性古人迎接了他们，并带他们参观了这个和亚特兰蒂斯相仿的城市，不过这个城市一看就是一个比亚特兰蒂斯，更加先进的城市。
接着就是这个古人族群的议会，对薇儿一行人进行了询问，并介绍了他们和古人只见的矛盾，以及他们为什么生存在这里的原因。
经他们自己解释说，“他们一开始也是和古人生存在一起的，但是在和幽灵的战争中产生了分歧才彼此分道扬镳的。”
接着尼姆就带着伊丽莎白一行人来到休息室休息，并且告诉他们，伊丽莎白所提出帮助的请求，他们会在议会讨论后，给与答复，请伊丽莎白他们稍作休息，静候佳音。
在到达休息后，尼姆就回去了议会静待消息，而谢泊德也在这个时候，把舒畅交给他的水晶硬盘连接上了这个城市的网络。
谢泊德所不知道的是，舒畅对他并没有说实话，在他把水晶硬盘连接上这个城市网络的瞬间，mother的一个子程序，就从水晶硬盘里上传到了这个城市的网络里。
而本身的这个硬盘里也确实有一个电脑病毒，但这个病毒只是掩饰硬盘作用的一个幌子，为的就是麻痹敌人。
在mother的子程序被上传到这个城市网络的时候，城市里所有人都一下停止了运动，而mother的子程序，却是在被迫像本体发送了一条由亚空间传递的求救信号。
原来这个子程序在被上传后几秒钟，就发现了这个城市的不对，并且还受到了一群智能程序的围剿，要不是它本身携带了本体的一些数据程式，现在可能早已经被这些围剿它的智能程序同化了。
而它在给本体发出求救信号后，还给谢泊德发送了一条信息，“跑！”
是的，就是让谢泊德他们赶快逃跑，谢泊德在收到这条信息后，第一时间就想起了舒畅临走时的嘱咐，立马就叫众人赶快走，当他们来到休息室外后，就见这些古人都一动不动的站着，看见这诡异的一幕，一群人也来不及在问谢泊德发生了什么事，就开始向星门处跑去。
同时谢泊德也按下了手里的按钮，启动了病毒程序，病毒程序是舒畅亲自编码的破坏程序，它所存在的目的就是自我复制和破坏，只要没有舒畅的命令就会一直破坏下去。
当mother子程序正在被围剿的岌岌可危的时候，这个病毒的爆发一下就分担了子程序的大部分的压力，而子程序也乘机潜入了这个城市的主机，开始起了盗窃行为，并把这些盗窃来的资料复制进了一个临近星门水晶硬盘里，并且还发给了谢泊德位置，让他路过的时候取走。
其实做这些事并不复杂，也许现在的电脑还需要读秒这些时间，可是基于古人用的是光脑，所以读秒这些过程都是不存在的。
在谢泊德他们来到星门大厅后，就迅速的启动了星门，回到了亚特兰蒂斯，而子程序也在这个时候启动了自我毁灭程序，消失在了这个古人的城市，紧接着病毒也被这些古人消灭。
不过这个时候这些古人也清醒了过来，古人议长Oberoth对所有人说道，“这些人类逃跑了，我们还没有得到更多的情报，不过我们跟踪了他们发出的一条亚空间信号，现在我命里，城市启动，我们要毁了亚特兰蒂斯。为了万年前的背叛。”
原来起因都是万年前，古人在没有更好的办法对付幽灵时，就想通过更先进的技术来消灭幽灵，古人就制造出来纳米机器人。
接着古人开始害怕起这个新生的种族，这个种族的进化和数量已经大大的超出了预先的估计。